约翰·钱伯斯和他的家人抵达宾夕法尼亚州一个乡村小镇的新家后不久,约翰开始出现睡眠麻痹。 躺在那里瘫痪,被困在自己的噩梦中,异世界的生物拜访了约翰。 它们是存在于夜晚最黑暗阴影中的实体,只能从眼角看到。
本片是以地球人与瓦肯人的“第一类接触”事件为背景,将重心放在《星际迷航之下一代》电视系列剧中的大敌『博格人』。企业号正在宇宙空间做例行巡航时,舰长皮卡特接到密电,称博格人已联合其他星系的力量,准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡特曾受敌方俘虏并同化,星际舰队对其不很信任,故没有派其出战。皮卡特不顾命令,仍然参与战斗,之后企业号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪,以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。
未来世界,感染了X病毒的恶魔党携带威力强大的赤盾出现在地球各个角落。仅仅是七天的时间,地球一半的领土便宣告陷落。人们流离失所,躲在最后的保留地苟延残喘。国际科学技术厅(ISO)的南部博士(岸谷五朗 饰)发现一种神秘的石头可以赋予特定人群以强大的力量,而力量提升后的超级战士正是阻挡恶魔党的不二人选。在此之后,鹫尾健(松坂桃李 饰)、大月纯(刚力彩芽 饰)、大月甚平(滨田龙臣 饰)和中西龙(铃木良平 饰)等人得到ISO的发掘,经过连番常人难以想象的特训,他们成长为对抗恶魔党的科学忍者队战士。某次战斗后,健的老友浅仓乔治(绫野刚 饰)加入进来,他们奉命去保护恶魔党逃亡过来的头目伊利亚(中村狮童 饰),以期获取Last Suicide计划的详情。面对这个有着深仇大恨的敌人,健和乔治的内心悄悄发生着变化……©豆瓣